Ngày 05 tháng 10 năm 2004, Thủ tướng Chính phủ Việt Nam ra quyết định số 178/2004/QĐ-TTg, theo đó Phú Quốc sẽ được xây dựng để trở thành một trung tâm du lịch và giao thương lớn của cả nước, khu vực và thế giới[2].

Ngày 14 tháng 02 năm 2006, Quyết định số 38/2006/QĐ-TTg ban hành Quy chế hoạt động của Đảo Phú Quốc và cụm đảo Nam An Thới, tỉnh Kiên Giang[3]. Theo quy chế, đảo Phú Quốc và cụm đảo Nam An Thới được hưởng một số cơ chế, chính sách đặc thù. Ngày 03 tháng 3 năm 2010, Thủ tướng Chính phủ Việt Nam ra quyết định số 20/2010/QĐ-TTg để trao cho Phú Quốc thêm nhiều ưu đãi[4].

Ngày 03 tháng 02 năm 2009, Quyết định số 18/2009/QĐ-TTg Phê duyệt Quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội vùng biển và ven biển Việt Nam thuộc vịnh Thái Lan thời kỳ đến năm 2020[5], Phú Quốc được quy hoạch làm một trung tâm kinh tế biển tổng hợp mạnh của cả nước và sẽ là một đơn vị hành chính trực thuộc trung ương.

Tháng 12/2012, Thủ tướng quyết định sẽ chỉ ưu tiên đầu tư phát triển bằng vốn ngân sách nhà nước đối với 6 khu kinh tế từ nay đến năm 2020. Phú Quốc là một trong 6 khu đó.

Ngày 22 tháng 5 năm 2013, Thủ tướng Chính phủ Việt Nam ra quyết định số 31/2013/QĐ-TTg về việc thành lập Khu kinh tế Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang[1]. Khu kinh tế Phú Quốc chính thức được thành lập khi quyết định này có hiệu lực từ ngày 10 tháng 7 năm 2013.